เครื่องหมายดีเอ็นเอ คือ ชิ้นดีเอ็นเอสายสั้น ๆ ที่ลำดับเบสสามารถจับกันหรือเข้าคู่กับช่วงใดช่วงหนึ่งบนสายดีเอ็นเอหรือโครโมโซมของสิ่งมีชีวิตเป้าหมายทำให้สามารถกำหนดหรือระบุตำแหน่งใดตำแหน่งหนึ่งบนโครโมโซมที่ศึกษา นอกจากนี้ยังนำมาใช้เป็นเครื่องหมายติดตามหน่วยพันธุกรรมหรือยีนของสิ่งมีชีวิตได้ความแตกต่างที่พบจากการใช้เครื่องหมายดีเอ็นเอตรวจสอบสารพันธุกรรมจากสิ่งมีชีวิตที่ต่างชนิดหรือต่างพันธุ์กันเกิดขึ้นจากการเรียงตัวของลำดับของนิวคลิโอไทด์ในสารพันธุกรรมของสิ่งมีชีวิตแต่ละชนิดที่มีความแตกต่างกัน เมื่อนำมาทำปฏิกิริยาระหว่างเครื่องหมายดีเอ็นเอชนิดต่าง ๆ ตำแหน่งการวางตัวและปริมาณของแถบดีเอ็นเอ (DNA band) ที่ปรากฏบนตัวกลางในการตรวจสอบภายหลังจากการทำปฏิกิริยาจึงแตกต่างกันทำให้สามารถแยกความแตกต่างของสิ่งมีชีวิตที่นำมาทำการศึกษาได้
เครื่องหมายดีเอ็นเอที่นำมาใช้ในการตรวจสอบหาความแตกต่างของสิ่งมีชีวิต สามารถแบ่งออกเป็น ๒ ประเภทตามหลักการ คือ
เป็นวิธีที่ใช้ดีเอ็นเอตรวจสอบ (DNA probe) ซึ่งเป็นชิ้นส่วนดีเอ็นเอสายเดี่ยวขนาดเล็กที่ทราบลำดับเบสและทำการติดฉลากสารกัมมันตรังสีเพื่อใช้ในการติดตามผลนำมาทำปฏิกิริยากับดีเอ็นเอของสิ่งมีชีวิตที่สนใจที่ถูกแยกเป็นเส้นเดี่ยวและถูกตัดย่อยด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ (restriction enzymes) โดยอาศัยความสามารถของดีเอ็นเอตรวจสอบที่สามารถเข้าคู่หรือจับกันกับสายดีเอ็นเอเป้าหมายตรงตำแหน่งที่มีลำดับเบสเป็นคู่สม (DNA hybridization) กันได้
เป็นวิธีการเพิ่มปริมาณชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่มีความจำเพาะขึ้นในหลอดทดลองโดยทำปฏิกิริยาอย่างต่อเนื่องเป็นลูกโซ่จากการทำปฏิกิริยาร่วมกันระหว่าง
๑. เอนไซม์ DNA polymerase ที่ใช้ในการสังเคราะห์สายดีเอ็นเอ
๒. ดีเอ็นเอสายสั้น ๆ ๒ สาย หรือไพรเมอร์ (DNA primer) ที่ใช้เป็นจุดเริ่มต้นการสังเคราะห์ดีเอ็นเอสายใหม่เป็นตัวกำหนดขนาดของดีเอ็นเอที่ทำการสังเคราะห์
๓. นิวคลิโอไทด์อิสระและ
๔. สายดีเอ็นเอเป้าหมายภายในหลอดทดลอง ภายหลังการทำปฏิกิริยาจะได้สายดีเอ็นเอใหม่จำนวนมากที่ถูกกำหนดขนาดตามระยะห่างของไพรเมอร์ ทั้ง ๒ สาย ที่เข้าจับบนสายต้นแบบเมื่อเริ่มปฏิกิริยาสังเคราะห์